Das Fürstliche Zentralarchiv umfasst ca. 5.000 laufende Meter Archivalien aus dem 12. Jahrhundert bis heute. Mit dem Erwerb von Grundbesitz und Herrschaften durch das Haus Thurn und Taxis in den Niederlanden, in Württemberg, Oberschwaben, Bayern, Südtirol, Böhmen, Polen und Kroatien kamen auch die Archive dieser Herrschaften ins Zentralarchiv in Regensburg. Gleiches gilt für die Archive der säkularisierten Reichsstifte Neresheim und Marchtal und das Damenstift Buchau. Das Postarchiv (ca. 11.000 Urkunden und Akten) der kaiserlichen Reichspost (1500 – 1806) gelangte nach dem endgültigen Ende der fürstlichen Posteinrichtungen 1867 nach Regensburg. Zudem sind die ca. 14.000 Personalakten ehemals fürstlicher Angestellter eine interessante Quelle. Inhaltlich eng verknüpft mit dem fürstlichen Archiv sind die Buchbestände der Hofbibliothek. Begründer der Hofbibliothek war Fürst Carl Anselm (1733-1805). Er ließ sie planmäßig ausbauen und machte sie 1783 der Öffentlichkeit zugänglich. Heute umfasst die Hofbibliothek etwa 216.000 bibliographische Einheiten, dazu ca. 9.000 Mikromaterialien, 1.300 Wiegendrucke, etwa 400 Handschriften, 2.900 Musikhandschriften und ca. 400 frühe Musikdrucke. Zu den Bestandsschwerpunkten zählen die Geschichte des Mittelalters und der Neuzeit, Kunst- und Kulturgeschichte, Musik, Bavarica, Ratisbonensia, Adelsliteratur sowie Post- und Verkehrsgeschichte. Interessante Sonderbestände sind die hippologische Literatur des 16. bis 20. Jahrhunderts sowie die „Sammlung Häberlin“, eine Kollektion von ca. 1.900 Flugschriften aus der Zeit des Dreißigjährigen Krieges. Hinzu kommen die Graphische, die Philatelistische und die Numismatische Sammlung. Aus der Unterschiedlichkeit der Bestände des fürstlichen Zentralarchivs ergeben sich zahlreiche Forschungsgebiete für Historiker und Kunsthistoriker.